El emplazamiento del Monasterio tuvo lugar en 1226 en el campo llamado entonces "los Bayllos menores", hoy los Vadillos, extramuros al norte de la Ciudad de Burgos, en la margen derecha del camino que desde la puerta y arco de San Gil conducía a las Asturias de Laredo y Santillana.
El terreno estaba por debajo de unas eras de la parte inferior de la ladera Este del Cerro de San Miguel. Para este traslado que el P. Flórez fija en el ario 1226, hubo importantes colaboraciones y ayudas, como la protección del Rey Fernando III el Santo, la del Cabildo, del Ayuntamiento, de los padres Trinitarios que cedieron parte de sus terrenos y de la Ciudad toda de Burgos con generosas contribuciones y aportaciones.
Y una muy importante fue la procedente de D. Ramón de Bonifaz, -que fue quien a las órdenes del Rey Santo mandó la flota con la que ambos conquistaron Sevilla demostrando su alto rango de Almirante de Castilla.
Destruido que fue el Convento de San Francisco por la artillería durante nuestra guerra de la Independencia, al ser repetidamente cañoneado por los franceses desde el Castillo en 1813, sufrió un gran incendio que le dejo maltrecho y tan arruinada su Iglesia, que todo ello quedó convertido en escombrera de sus sagradas piedras, de sus elementos decorativos (portadas, arcos, bóvedas, capiteles, ventanales, tracerías, pináculos, etc.), así como de sus tumbas y sepulcros.
Reforma del ex-convento de San Francisco. Año 1844. Fdo. Ladislao de Velasco
Una vez expropiado en 1836, lo que quedaba del Convento pasa a depender del Ramo de Guerra que efectúa obras de reconstrucción en 1844, "aprovechando en lo posible su estado actual" para alojar un Batallón de Milicias Provinciales, según propuesta del Capitán de Ingenieros D. Ladislao de Velasco, ya que el edificio fue destinado para cuartel en virtud de Real Orden de 5 de diciembre de 1842, que constará de 800 plazas, según se dispone en Decreto de 1.9 de agosto del mismo ario, todo ello por importe de 20.818 reales y 10 maravedís.
En 1852 se convierte en Factoría Militar, y en 1856 en Establecimiento de provisiones la Plaza Burgos, realizándose hornos hembras de pan en el claustro abovedado; en 1877 se construyen almacenes en terrenos de la huerta, por el contratista Donato Ontarion Arranz, durante cuyas obras se produce un voraz incendio devastador de una parte de la obra en realización.
Con posterioridad y a lo largo del S. XIX se le introdujeron diversas reformas, durante una de las cuales (1882), un incendio arrasó parte de ala Este. En el siglo XX también se realizaron obras que fueron transformando su uso militar y su fisonomía, siendo el año 1972 el de su cesión al Ayuntamiento de la Capital, que estableció en él almacenes, cocheras y depósitos de materiales.
articulo iglesia y convento de San Francisco de Burgos Alvaro Diaz Moreno
Convento y edificios militares de San Francisco 1898. Colección Sainz Varona
